大牌坊和长廊
大牌坊。“三开重檐”，气势不凡 ， 由著名书法家书题《弘仁普济》。两旁长廊，雕梁画栋，依山逶迤，与大牌坊连成一体，构成祖庙的第一道风景线。驻足坊前，仰眺沿轴线递叠而上的建筑群，错落有致，布局精巧，祖庙昔日的风采一览无余。
山 门
寺庙建筑的第一道门称山门。祖庙山门呈皇家城阙状，这是因为妈祖被民间尊为天上圣母，是至高无上的女神。山门内仍按传统供祀两尊妈祖陪神——千里眼、顺风耳，传说他俩原是海上妖怪，被妈祖收伏后，自愿永远效命妈祖驾前。 .
仪 门
宫殿的第二道门称仪门。祖庙仪门，凌空而建，巍峨壮观。正中悬挂“圣旨”竖匾，象征妈祖曾受历代帝王褒封，故又称“圣旨门”。因为它的“神圣”和威严，古代官员经过此门时，文官下轿，武官下马。
钟鼓楼，
是所有妈祖庙的必配建筑，东西对峙。平时，晨钟暮鼓，昭示风调雨顺，物阜民丰。而每逢祭祀节庆活动，以呜鼓三通开始以敲钟表示礼终。其时，钟鼓和鸣，声震海陬，庄严肃穆，蔚为壮观。
正 殿
正殿为祖庙最主要殿堂，殿内供奉妈祖及陪神。正殿又称“太子殿”，这是因为清康熙朝福建总督加太子太保兵部尚书姚启圣，把座落于此的原朝天阁改为正殿，并进行重修，所以后人便称其为“太子殿”。
