“湄洲妈祖祖庙新殿”是由清华大学设计院古建筑专家设计的五进庙宇式仿宋的建筑群，主要有大牌坊、宫门、钟鼓楼、顺济殿、天后殿、灵慈殿；其配套建筑有东西庑廊、祈福殿、妈祖文化展览馆、祈福宾馆、天后广场、观礼台、大戏楼等。整体建筑群沿轴线对称布局，呈南起向，故亦称“南轴线建筑群”。整个工程硕大无比，它占地80亩，总建筑面积32000M2，从妈祖石雕像至大戏楼，总长450M，最宽处108M，上下落差达65M。于1998的初开工，至2002年九月份竣工。
祖庙新殿金碧辉煌、宏伟壮观，被誉为“海上布达拉宫”。驻足广场，仰望凌空的牌楼、巍峨的殿阁，飞檐流丹，美仑美奂，游人拾级而上，能感受到皇家的豪华，天庭的气势！
祖庙新殿高水平的设计，高品位的建设，体现了祖庙新一轮创业的大气魄、大手笔，南轴线新殿与西轴线古庙浑然一体、相得益彰，即展现圣地的壮丽辉煌。又不失其厚重的历史积淀。她将以现代文明与历史文化交相辉映的特色，屹立于世界名庙之林，真正成为全球两亿妈祖信众仰慕的“东方麦加”。
天后广场及戏楼
天后广场长120M，宽88M，面积1万M2，两旁观礼台（含角楼）各长129M，各有13级磴座，能容万人观看，是祖庙大型祭典和举行盛大活动的场所。大戏楼高28M，面积1500M2，为歇山重檐、大跨度建筑，穹隆高耸，气势不凡。
大 牌 坊
大牌坊为“五开三檐”建筑，高22米，宽35米，凌空飞檐，磅礴壮丽，为我国少有的雄伟牌坊之一，是进入祖庙新殿的第一通道，由著名书法家书题“湄洲圣境”。牌坊与广场相连，坊前平台为祖庙大型祭典之祭坛。
宫 门
新殿的第一门。明永乐七年（1409），天妃庙升格为宫，御书赐额曰：“弘仁曾普济天妃之宫”。兹据以摹勒为本宫之门额。门厅内祀千里眼、顺风耳二神将。据《封神演义》及民间传说，二将原为殷纣时的高明、高觉两兄弟，自封金王、柳王，为姜子牙所败。后化为妖，在湄洲西北方向作崇，遂被妈祖收伏为帐下二将。清同治八年（1869），由总理船政大臣沈葆桢题奏，赐封二神将为金将军、柳将军。
